哥斯拉掉入三原山之後，日本過了5年平安的日子，但是自衛隊為了以防萬一，打算以哥斯拉的細胞為成分製造對抗哥斯拉的武器"抗核細菌&am

　　一個全身閃紅光的哥斯拉在香港登陸，並把港島和九龍的繁榮商業區破壞後離去。及後東京海底隊道亦因為隧道機械主軸溶化不停發生事故，原來哥斯拉身上的冷卻係統已破壞，